Organami NASK są:
- Dyrektor,
- Rada Naukowa.
Dyrektor kieruje NASK, a w szczególności:
- ustala plany działalności,
- realizuje politykę kadrową,
- zarządza mieniem i odpowiada za wyniki działalności NASK,
- reprezentuje NASK,
- podejmuje decyzje we wszystkich sprawach dotyczących NASK, z wyjątkiem należących do zakresu działania Rady Naukowej.
Dyrektorem NASK jest Wojciech Pawlak. Funkcje zastępców Dyrektora pełnią dr hab. inż. Michał Karpowicz (p.o. Dyrektor ds. Naukowych), Krzysztof Silicki (Dyrektor ds. Cyberbezpieczeństwa i Innowacji), Piotr Lichota (Dyrektor ds. Projektów Administracyjno-Edukacyjnych), Robert Król (Zastępca Dyrektora NASK ds. Zastosowań Sztucznej Inteligencji i Analiz Danych) oraz Magdalena Tarczewska-Szymańska (Dyrektor ds. Procesów Administracyjnych).
Rada Naukowa
Rada Naukowa jest organem stanowiącym, inicjującym, opiniodawczym i doradczym NASK, w zakresie jej działalności statutowej oraz w sprawach rozwoju kadry naukowej i badawczo-technicznej. Kompetencje Rady Naukowej określają przepisy ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych oraz Statut NASK.
Skład Rady Naukowej
Przewodniczący Rady Naukowej
prof. dr hab. inż. Jerzy Brzeziński
Politechnika Poznańska
Wiceprzewodniczący Rady Naukowej
prof. dr hab. inż. Andrzej Dąbrowski
Politechnika Warszawska
prof. dr hab. inż. Marek Amanowicz
NASK
Sekretarz Rady Naukowej
dr Agnieszka Wrońska
NASK
dr inż. Adam Kozakiewicz
NASK
prof. dr hab. inż. Andrzej Pacut
NASK
dr hab. inż. Michał Karpowicz
NASK
dr inż. Konrad Ciecierski
NASK
Antonina Krajewska
NASK
Maciej Wyszoczarski
powołany przez Ministra Cyfryzacji
prof. dr hab. Jan Łaszczyk
Akademia Pedagogiki Specjalnej
płk dr inż. Mariusz Chmielewski
powołany przez Ministra Cyfryzacji
dr inż. Jerzy Greblicki
przedstawiciel Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego
Piotr Nikel
powołany przez Ministra Cyfryzacji;